각막의 상층부를 1분에 수천 번에서 2만 번 정도 회전하는 미세한 칼(microkeratome)로 절개하여 각막편을 만듭니다. 이 때 마취는 점안약을 2-3번 점안하는 것으로 끝나며 통증은 전혀 없습니다. 다만 각막 절제 미세칼로 각막편을 절개할 때 각막의 모양이 흔들리거나 변하지 않게 하기 위해서 각막의 상층부를 흡입기로 완전히 고정하고 난 후에 두께 조절판을 사용하여 원하는 두께만큼 각막편을 정확히 절제하며 이 때도 물론 통증은 전혀 없습니다.

각막편은 완전히 절개하지 않고 한쪽 끝은 붙여 두어서 다시 각막을 덮을 때 사용합니다. 이렇게 절개된 각막실질 위에 엑시머레이저를 조사하는 것입니다. 절개된 각막실질 위에 정확한 엑시머레이저빔을 조사함으로써 원하는 양 만큼의 각막 조직을 절제하는 것입니다. 이렇게 한 후 다시 남아있던 각막편을 부착하게 되는데 이 때는 실로 꿰매지 않아도 자연 부착됩니다.